在参拜母亲坟墓的回程途中，真嗣和葛城美里遭遇了第七使徒的攻击，关键时刻2号机势如破竹挫败对手，真嗣也由此结识了2号机的操纵者式波·明日香·兰格蕾，与沉默寡言的绫波丽不同，明日香自信张扬，甚至有些自大，在和真嗣相处的日子里，彼此闹出不少的笑话，他们三人分别驾驶着零号机、初号机和2号机，抵抗了第八使徒猛烈的攻击，在这一过程中，淡淡的情愫悄然在这三个青年男女的心中萌生，不久后，第九、十使徒相继降临，真嗣...

历史悠久的犬神使一族·平川家的末裔--高中生平川启太，因为能力不足而被本家逐出家门。启太之后又不知为何被叫到祖母这里，在那里和名为ようこ的犬神相遇，经过一系列事件后两人结下契约开始一起生活。但是，其实ようこ是谁都无法控制的大问题儿。被ようこ的任性的贪图的享乐的态度而摆布的启太，卷入各种事件遭到许多悲惨的遭遇。最后被人当做变态，被烙上了社会的人渣的烙印，同时又被另一类人当作王和神来崇拜。这些日子中，...